Центр является самостоятельной медицинской научной организацией, имеющей статус государственного учреждения. Центр находится в непосредственном подчинении РАМН и входит в состав Отделения клинической медицины РАМН.

С 2001 года по настоящее время РОНЦ им. Н.Н.Блохина РАМН возглавляет академик РАН и РАМН, профессор Михаил Иванович Давыдов, выдающийся отечественный хирург-онколог, продолжающий лучшие традиции своих предшественников и под чьим руководством в Центре динамически развивается как клиническая, так и экспериментальная онкология.

МHИОИ им. П. А. Геpцена является пионеpом в pазpаботке оpганосохpаняющего, комбиниpованного и комплексного лечения больных злокачественными новообpазованиями. Консеpвативные методы лечения основываются на pазpаботках по опpеделению индивидуальной чувствительности опухолей к пpотивоопухолевым пpепаpатам и ионизиpующему излучению. Hа базе института pасполагается Российский Центp лечения хpонического болевого синдpома, Российский pеспубликанский центp физических методов лечения, осуществляется клиническая апpобация новых лекаpственных сpедств (пpотивоопухолевых, обезболивающих и дp.) и медицинской техники.

В штате центра состоит 1779 человек. В их числе 352 научных сотрудника, включая 60 докторов (из них 26 профессоров) и 172 кандидата наук, представляющих различные, но успешно интегрированные в рамках решаемых задач, области знаний: медицину, биологию, физику, математику, технику, химию, фармацию и др. Центр располагает развитыми инженерно-техническими и вспомогательными службами, виварием, богатой научной библиотекой и патентным фондом.